Η κυτταρολογική εξέταση αφορά την επεξεργασία και μικροσκοπική εξέταση των υγρών (π.χ. πλευριτικό υγρό, ασκιτικό υγρό, ούρα, ΕΝΥ), δειγμάτων μέσω λεπτής βελόνης (FNA λεμφαδένων, θυρεοειδούς, EBUS-TBNA κτλ.) όπως και δειγμάτων ληφθέντων μέσω επεμβατικής διαδικασίας ‘’ERCP brushings’’, ‘’washings’’, BAL κτλ.
Διενεργείται φυγοκέντρηση των δειγμάτων και επίσης παρασκευή ‘’cell block’’ με πλήρεις δυνατότητες ανοσοϊστοχημικού ελέγχου όπως και φύλαξη υλικού για μοριακές εξετάσεις ή και την διερεύνηση προγνωστικών και προβλεπτικών δεικτών.
Συμπεριλαμβάνεται επίσης η εξέταση δειγμάτων FNA για πιθανή αμυλοείδωση (π.χ. λιπώδης ιστός) με τη χρώση Congo Red.
Σε συγκεκριμένα συστήματα ακολουθεί κατηγοριοποίηση των ευρημάτων βάση κατευθυντήριων οδηγιών (Bethesda-Classification, Paris-Classification, Papanicolaou for Pancreatobiliary Cytology κ.α)